凝胶具有化学惰性，它不具有吸附、分配和离子交换作用。让被测量的高聚物溶液通过一根内装不同孔径的色谱柱，柱中可供分子通行的路径有粒子间的间隙（较大）和粒子内的通孔（较小）。
凝胶渗透色谱仪的使用数据处理是*的一步，如何处理是关键，且看厂家如何解说。
凝胶渗透色谱仪的数据处理方法：
由于GPC/SEC的分离机理是按照分子尺寸的大小进行分离的，不考虑溶质和载体之间的吸附效应，也不考虑溶质在流动相和固定相之间的分配效应，其淋出体积(自试样进柱到被淋洗出来所接收到的淋洗液总体积)仅由溶质分子尺寸和载体的孔洞尺寸决定，与分子量只是间接的关系。不同的高分子，虽然分子量相同，但分子体积并不一定相同。例如，线形PE和支化PE，虽然有相同的分子量，但分子尺寸后者比前者小。
因此，在同一根柱子和相同的测试条件下，不同的高分子试样由于分子链形态不同，所得到的分子量—淋出体积校正曲线并不重合。为此，在测定某种聚合物的分子量分布时，都需要有这种聚合物的单分散(或窄分布)试样所求得的的校正曲线，而单分散(或窄分布)试样不容易得到，只有很少的高聚物能制得窄分布的标准试样，这给测试工作带来极大的不便。对此通常采用能够制得窄分布标准样的聚合物聚苯乙烯(PS，溶于各种有机溶剂)、聚甲基丙烯酸甲酯(PMMA，溶于有机溶剂)、聚环氧乙烷(PEO，也叫聚氧化乙烯，溶于水)、聚乙二醇(PEG，溶于水)代替，因此用GPC采用实验数据后要对数据进行校正处理，才能得到尽可能真实的相对分子量。
凝胶渗透色谱仪不但可以用于分离测定高聚物的相对分子质量和相对分子质量分布，同时根据所用凝胶填料不同，可分离脂溶性和水溶性物质，分离相对分子质量的范围从几百万到100以下。近年来，凝胶色谱也广泛用于小分子化合物。相对分子质量相近而化学结构不同的物质，不可能通过凝胶渗透色谱法达到*分离纯化的目的。凝胶色谱不能分辨分子大小相近的化合物，相对分子质量相差需在10%以上才能得到分离。
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