疏水色谱柱能够有效分离抗体的结构同分异构体。在抗体药物中，对于一些由于等电点相同而无法通过离子交换色谱法实现分离的，但表面疏水性有差异的结构同分异构体、或多聚体，可以考虑使用疏水色谱法来进行分析。并且疏水色谱法也可以用于抗体降解产物的分析。
疏水色谱柱安装的正确步骤如下：
1、使用新鲜洁净的水与乙腈。冲洗系统，确保系统干净，不含任何缓冲盐和污染物。
2、取用色谱柱时避免磕碰掉落。
3、将疏水色谱柱入口端连接到系统上，柱出口端先不要连接，色谱柱身上有箭头标明正确流向。
4、在0.1mL/min流速条件下用纯乙腈润洗色谱柱，然后在2分钟内将流速升至0.5mL/min。
5、当溶剂均匀的从柱出口端流出，停流速，将色谱柱出口端接到系统检测器上（这样可以避免气泡进入检测系统，并且可快速达到基线平衡）。
6、重启流速，按照步骤4的方法逐渐提高流速，至常规分析时所使用的流速。
7、参考柱效测试报告中的方法，使用该流动相条件平衡色谱柱，通常需要使用5-10倍柱体积的流动相，直至压力与基线稳定。
8、测试疏水色谱柱柱效。如果没有柱效测试报告中的分析物，请厂家部门寻求支持，使用合适的浓度与进样量。柱效结果略低于柱效测试报告属正常情况。如结果明显偏低、峰形拖尾，提示色谱柱和/或所使用的液相系统处于非理想状态，需要进行故障排查。当使用2.1mm内径色谱柱时，建议优化系统以减少谱带展宽，包括：使用检测器微量流通池，减少进样器loop环体积，使用较小内径（如0.005''或0.12mm）的系统管路。并确保管路与疏水色谱柱连接恰当、无死体积。
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