离子色谱柱主要由一定内径的柱管加上不同类型的填料所组成，针对离子色谱流动相比较多的采用酸、碱、盐的特点，目前，多数离子色谱柱管材料由PEEK材料所组成，随着离子色谱对柱效要求的提高，离子色谱所用的填料颗粒也越来越小，同时也对柱管所能够承受的压力要求越来越高，新型的离子色谱柱要求能够承受40MPa的压力。
离子色谱柱的维护保养十分重要。
（1）接离子色谱柱前确保系统已清洗干净。离子色谱柱在任何情况下不能碰撞、弯曲或强烈震动；很多单位的离子色谱仪是阴、阳离子混用的，因此，接色谱柱前，一定要保证整个离子色谱仪上的所有阀件或管路已清洗干净，避免造成色谱柱堵塞。
（2）确保色谱柱不进入颗粒物。样品一定要经过预处理，去除颗粒物等会给泵和色谱柱带来负担的物质。
（3）确保离子色谱柱不干燥。每天分析工作结束后，要清洗进样阀中残留的样品，还要用适当的溶剂来清洗柱；若分析柱长期不使用，要参照色谱柱保存办法，在冲洗干净后，对阴离子柱要通入一定浓度的碱（对阳离子柱要通入一定浓度的酸），并将色谱柱取下两端密封保存。
（4）确保色谱柱在一定压力、流速条件下运行。离子色谱柱使用时一定要先检查整个流动管路中是否有气泡，如果有，需要先将气泡排除后再将色谱柱接上，防止将气泡带到色谱柱中。因为离子色谱柱中装填的树脂颗粒很小，气泡进入后将影响树脂和样品中离子的交换，同时气泡也将影响基线的稳定性。
离子色谱柱将流动相以稳定的流速（或压力）输送至分析体系，在色谱柱之前通过 进样器将样品导入，流动相将样品带入色谱柱，在色谱柱中各组分被分离，并依次随流动相流至 检测器。抑制型离子色谱柱则在电导检测器之前增加一个抑制系统，即用另一个高压输液泵将再生液输送到抑制器。在抑制器中，流动相背景电导被降低，然后将流动出物导入电导池，检测到的信号送至数据处理系统记录、处理或保存。非抑制型离子色谱仪不用抑制器和输送再生液的高压泵，因此离子色谱柱结构相对比较简单，价格也相对比较便宜。
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