离子色谱柱保护柱位于进样器与分析柱之间，离子色谱分析中重要的色谱耗材，使用保护柱可大大降低分析柱受污染的程度，延长分析柱使用寿命。离子色谱柱保护柱位于进样器与分析柱之间，作用主要两方面：
1.截留不溶性颗粒
2.吸附样品基质中的杂质
一、离子色谱仪的保护柱如何选择：
1.保护柱的填料，与分析柱保持一致，填料品牌一致，才能100%确保选择性一致。
2.保护柱的规格，要与分析柱匹配，填料粒径一致，保护柱的内径与分析柱的内径相近。
3.对于精细分离，保护柱本身的装填柱效要足够好。
4.对于精细分离或者小内径色谱柱分离，保护柱的连接死体积要尽可能小。
5.如果是用于UHPLC柱，还要考虑保护柱的耐压能力。
保护柱不理想，就会导致峰扩散，分离度下降，不利于精细分离。
理想的保护柱，即使分析柱短小如4.6×100mm，安装保护柱后也未引起分离度与峰高的降低。
二、如何使用离子色谱仪的保护柱？
1.专柱。避免保护柱成为不同项目的交叉污染源。
2.及时更换保护柱。当峰的理论塔板数下降15%，或是柱压上升15%，或是关键分离度下降15%时，都应该及时更换保护柱。
3.不慎发生强污染时，可以将分析柱卸下，单独冲洗保护柱，可以使污染物更快的从保护柱中流出。——但是不可以超声保护柱。
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