TSK凝胶色谱柱的脱水现象，可能是因为使用不当或长期放置保存过程中造成的。有些
TSK凝胶色谱柱中由于没有气密密封圈，这种情况下色谱柱会随时间而易发生干燥现象。对于其他的所有种类色谱柱如不锈钢或玻璃柱等，如果柱栓未拧紧或者使用过程中空气意外进入到色谱柱中，均可能发生柱子干燥的情况。很容易就可以辨认到玻璃色谱柱出现的脱水现象，因为可以很容易地看到干燥的填充物与柱壁分离的现象。我们推荐采用下列步骤，以消除
TSK凝胶色谱柱的脱水现象：
1. 按照相反的流动方向将色谱柱连接到液相系统上；
2. 不要将色谱柱与检测器相连；
3. 以推荐zui大流速的一半流速，使用滤过的20%乙醇超纯水溶液进行色谱柱的过柱；
注意：反相色谱柱需要使用60%的乙醇。
4. 继续重复上述程序，直到您确信色谱柱已经再水化处理完毕。再水化处理可能需要
几个小时的时间，这取决于色谱柱的尺寸大小；
5. 按照正确的流动方向将色谱柱连接到液相系统上；
6. 如果有机物不是正常流动相的一部分的话，要使用3个柱体积的超纯水冲洗色谱柱
以去除有机物；
7. 使用上样缓冲液进行柱平衡（通常使用3——5个柱体积）；
8. 使用QC 测试方法评价柱子的性能，以确保色谱柱能够正常使用。
除盐：对普通反相 C18 键合相柱，为除去柱中含有的缓冲盐类或水溶性物质时，不应使用纯水冲洗。因为 C18 键合相像一条长链将硅胶黏结，当有有机溶剂存在时，其表面被流动相润湿， C18 长链*展开，像海水中的海藻一样。当纯水或缓冲溶液通过时， C18 键合相不能被浸润，键合相表面会塌陷，从而将溶剂、样品分子或无机盐分子包合。此时仅用纯水无法将包合物洗脱出，应使用含 5 ％有机溶剂的水溶液冲洗，以清除无机盐或水溶性物质。
蛋白污染：如果需从硅胶键合固定相清洗蛋白质残留物，必须使用和前述不同的程序。如果生物材料血浆或血清样品注入色谱柱，在大多数情况下，纯有机溶剂 ( 如乙腈或甲醇 ) 并不能溶解肽和蛋白质，用它们清洗色谱柱是无效的。然而，有时使用有机溶剂与缓冲物、酸或离子对试剂的混合物却是有效的。
由于污染物聚集在色谱柱头，逆向冲洗会缩短污染物在柱中迁移的距离；又因为色谱柱皆在高于操作压力下填充的，通常逆向液流不会扰动色谱柱床。但如果色谱柱顶端过滤筛板的孔径大于柱底部过滤筛板的孔径，则固定相的微小粒子会在逆向冲洗过程通过筛板流出柱，从而会在柱中产生新的死空间引起柱床松动。因此在逆向冲洗前，应先确认柱管两端过滤筛板的孔径一致。
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